يستخدم أموكسيسيلين لعلاج الالتهابات البكتيرية في أجزاء مختلفة من الجسم. كما أنه يستخدم مع أدوية أخرى (مثل كلاريثروميسين ولانسوبرازول) لعلاج عدوى الملوية البوابية وقرحة الاثني عشر. ينتمي أموكسيسيلين إلى مجموعة الأدوية المعروفة باسم مضادات البنسلين الحيوية